（A）日本白鲫拥有100条染色体；（B）红鲫拥有100条染色体；（C）经亲本之间的杂交获得了染色体数目为100的合方鲫F1，性腺切片组织观察显示合方鲫F1两性可育；
（D）经合方鲫F1自交获得了染色体数目为100的合方鲫F2，性腺切片组织观察显示合方鲫F2两性可育。
杂交可以将不同物种的基因组组合到一起，从而导致杂交后代的基因型和表现型发生改变，而且时常伴随着杂交优势性状的出现。基于丰富的鱼类杂交研究经验，我们经多代亲本选育及一系列系统的正反杂交实验最终选择以日本白鲫为母本、红鲫为父本的组合进行杂交，获得了具有生长速度快、肉质鲜嫩、抗逆性强等优势特征的杂交鲫，取名为合方鲫，并于2017年经过全国水产原种和良种审定委员会审定为水产新品种。杂交后代中的基因结构是如何改变的，这是一个有待解决的科学问题。
本文科研团队通过高通量测序的方法，对合方鲫F1、合方鲫F2、日本白鲫以及红鲫的肝脏组织进行了转录组测序。通过分析比较四种鱼肝脏转录组中的直系同源基因，结果发现在合方鲫F1及F2中存在大量的嵌合基因（19.04%, 4.17%）与突变基因（6.90%, 5.05%）。根据杂交后代嵌合基因及突变基因的来源，我们把这些嵌合基因划分为三大类8小类。通过PCR的方法，我们将随机挑选的23个嵌合基因与突变基因在DNA水平上进行了Sanger测序验证，结果发现有17个基因的Sanger测序结果与转录组分析的结果保持一致。另外，我们通过KEGG分析以及GO功能注释探究了这些嵌合基因的功能及涉及到的信号通路。结果表明，大量的嵌合基因及突变基因被富集到与代谢、免疫以及发育等功能和信号通路中。该结果将为杂交鱼中基因结构的变化提供新的实验结果，同时也为杂交优势性状研究提供了新的候选基因。
该研究成果近日以“The chimeric genes in the hybrid lineage of Carassius auratus cuvieri (♀)×Carassius auratus red var. (♂)”为题，发在Science China Life Sciences期刊上。第一作者为刘庆峰博士，通讯作者为刘少军教授。
